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[1] 구 법인세법 제25조 제1항 제1호에서 정한 중소기업인 갑 주식회사는 2006 사업연도에 결손금이 발생하자 구 법인세법 제72조 제1항에 따라 결손금의 소급공제에 의한 환급을 신청하여 2005 사업연도의 법인세액을 한도로 계산한 금액을 환급받았는데, 이후 갑 회사에 대한 파산선고로 선임된 파산관재인이 2005 사업연도 법인세의 과세표준과 세액에 영향을 미치는 법원의 화해권고결정이 확정되었다는 이유로 2005 사업연도 법인세의 환급을 구하는 취지의 후발적 경정청구로 환급을 받자, 관할 세무서장이 결손금 소급공제 환급세액 계산의 기초가 된 2005 사업연도 법인세액이 달라져 과다하게 환급된 결과가 되었다는 이유로, 구 법인세법 제72조 제5항, 구 법인세법 시행령 제110조 제5항, 제6항에 따라 환급세액과 그 이자 상당액을 2006 사업연도 법인세로 경정ㆍ고지한 사안에서, 위 처분은 2006 사업연도 법인세의 부과 및 징수처분에 해당하고 그에 관한 부과제척기간이 경과하여 위법하다고 한 사례
[2] 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호는 납세의무자가 일정한 의무를 이행할 것을 조건으로 세액공제 등의 혜택을 받은 후 당초의 의무를 이행하지 않아 과세관청이 공제세액 등을 추징하는 경우나 이에 준하는 경우에만 적용되는 규정인지 여부(적극)

[1] 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조 제1항 제1호에서 정한 중소기업인 갑 주식회사는 2006 사업연도에 결손금이 발생하자 구 법인세법 제72조 제1항에 따라 결손금의 소급공제에 의한 환급을 신청하여 2005 사업연도의 법인세액을 한도로 계산한 금액을 환급받았는데, 이후 갑 회사에 대한 파산선고로 선임된 파산관재인이 2005 사업연도 법인세의 과세표준과 세액에 영향을 미치는 법원의 화해권고결정이 확정되었다는 이유로 2005 사업연도 법인세의 환급을 구하는 취지의 후발적 경정청구로 환급을 받자, 관할 세무서장이 결손금 소급공제 환급세액 계산의 기초가 된 2005 사업연도 법인세액이 달라져 과다하게 환급된 결과가 되었다는 이유로, 구 법인세법 제72조 제5항, 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조 제5항, 제6항에 따라 환급세액과 그 이자 상당액을 2006 사업연도 법인세로 경정ㆍ고지한 사안에서, 국가가 납세의무자에 대한 조세채권으로 징수절차에 나아가기 위해서는 그 납세의무의 내용을 구체적으로 확인하는 확정절차로서 납세의무자의 신고행위나 과세권자의 결정ㆍ경정 등의 부과처분이 필요한 점, 법인세 납부의무는 관할 세무서장이 직전 사업연도 법인세액의 감소 등 그 요건의 충족 여부를 판단하여 환급세액을 재결정한 후 과다환급세액 및 그에 대한 이자 상당액을 계산하여 세액을 확정하는 절차를 거쳐야 비로소 구체적 조세채무로 확정되는 점, 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제51조 제8항에 따른 국세환급금의 환수와 구 법인세법 시행령 제110조 제6항 등에 따른 환급세액의 환수는 그 부과 또는 징수하는 세액의 계산방법, 환수절차 등에서 서로 구분되므로, 구 법인세법 시행령 제110조 제6항 등에 따른 위 처분이 구 국세기본법 제51조 제8항에 따라 국세징수법이 준용되는 징수처분에 해당한다고 볼 수도 없는 점 등을 종합하면, 위 처분은 2006 사업연도 법인세의 부과 및 징수처분에 해당하고 그에 관한 부과제척기간이 경과하여 위법하다고 한 사례.
[2] 구 국세기본법 시행령(2009. 2. 6. 대통령령 제21316호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의3은 부과제척기간의 기산일을 '세액을 신고하는 국세'의 경우 원칙적으로 '당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날'로 하되(제1항 제1호), '공제ㆍ면제ㆍ비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우'에는 제1항의 규정에도 불구하고 '당해 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날'로 정하고 있다(제2항 제3호).
이러한 관련 규정의 문언과 체계 및 입법 취지, 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합적으로 고려하면, 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제2항 제3호는 납세의무자가 일정한 의무를 이행할 것을 조건으로 세액공제 등의 혜택을 받은 후 당초의 의무를 이행하지 않아 과세관청이 공제세액 등을 추징하는 경우나 이에 준하는 경우에만 적용되는 규정으로 보아야 한다.

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